Συγκεκριμένα, στο πλαίσιο του εθνικού προγράμματος ελέγχου ζωοτροφών, το οποίο έχει καταρτισθεί με βάση την ανάλυση κινδύνων, προβλέπεται η διενέργεια δειγματοληψιών και εργαστηριακών ελέγχων, σε πρώτες ύλες ζωοτροφών, σύνθετες ζωοτροφές κλπ. σε όλα τα στάδια παραγωγής και χρήσης τους.

Στις παραπάνω πρώτες ύλες συμπεριλαμβάνονται τόσο τα ιχθυάλευρα, τα ιχθυέλαια (πρώτες ύλες), όσο και οι ιχθυοτροφές (σύνθετες ζωοτροφές). Οι έλεγχοι που γίνονται στις ζωοτροφές αφορούν τόσο την ποιότητα (χημική σύσταση) όσο και την ασφάλειά τους. Μεταξύ των άλλων αναλύσεων που διενεργούνται ώστε να εξασφαλιστεί η απουσία ανεπιθύμητων ουσιών από την τροφική αλυσίδα, προβλέπονται έλεγχοι για διοξίνες, παρόμοιων με διοξίνες ουσίες (PCB's) και βαρέα μέταλλα (Cd, Pb, As, Hg).

Επιπλέον, στις γραπτές διαδικασίες σχετικά με τον τρόπο διεξαγωγής των ελέγχων ζωοτροφών που έχουν αποσταλεί από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων στις Δ/νσεις Αγροτικής Ανάπτυξης/Γεωργίας των Νομαρχιακών Αυτοδιοικήσεων, επισημαίνεται ο αυξημένος κίνδυνος παρουσίας βαρέων μετάλλων και διοξινών σε πρώτες ύλες ή σύνθετες ζωοτροφές προοριζόμενες για ψάρια.

Επίσης, κάθε χρόνο καταρτίζεται από τη Γενική Δ/νση Κτηνιατρικής του ΥΠΑΑΤ το Εθνικό Πρόγραμμα Ελέγχου Καταλοίπων για τα τρόφιμα ζωικής προέλευσης, το οποίο εφόσον εγκριθεί από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή κατανέμεται με σχετική εγκύκλιο στα κτηνιατρικά εργαστήρια και στις Δ/νσεις Κτηνιατρικής.Ο αριθμός και το είδος των δειγμάτων και των αντίστοιχων καταλοίπων, καθορίζονται από την Κοινοτική νομοθεσία η οποία ενσωματώνεται στην εθνική με το ΠΔ 259/98.

Ειδικά για τα ψάρια, εξετάζονται δειγματοληπτικά οι συγκεντρώσεις βαρέων μετάλλων (κάδμιο, υδράργυρος, μόλυβδος), σύμφωνα με τον Καν.(ΕΚ) 1881/2006 της Επιτροπής. 

Η Γενική Δ/νση Κτηνιατρικής του ΥΠΑΑΤ, μεριμνεί για την εφαρμογή του Προγράμματος Ελέγχου Καταλοίπων, αφενός συγκεντρώνοντας τα αποτελέσματα των εξετάσεων από Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς, αφετέρου επιτηρώντας τη δειγματοληψία από τις αρμόδιες κτηνιατρικές αρχές κάθε νομού, σύμφωνα με τα οριζόμενα από την Κοινοτική νομοθεσία. Σε περίπτωση παράβασης των καθοριζόμενων από τον ανωτέρω Κανονισμό, επιτρεπτών ορίων, εφαρμόζονται τα μέτρα και οι κυρώσεις που προβλέπονται στο ΠΔ 259/98.

Παράλληλα με το Εθνικό Πρόγραμμα Ελέγχου Καταλοίπων, διενεργούνται δειγματοληπτικοί ελέγχοι των εισαγομένων αλιευμάτων και ζωοτροφών στους Συνοριακούς σταθμούς Κτηνιατρικού Ελέγχου (ΣΥ.Κ.Ε.) της χώρας. Εφόσον βρεθούν συγκεντρώσεις καταλοίπων μεγαλύτερες από τις επιτρεπόμενες, οι παρτίδες δεσμεύονται και απαγορεύεται η εισοδός τους στη χώρα, ενώ παράλληλα ειδοποιείται ο ΕΦΕΤ και μέσω αυτού όλα τα Κράτη-Μέλη.