Η Διοίκηση και διαχείριση των υποθέσεων της ΠΑΣΕΓΕΣ ασκείται από το Διοικητικό της Συμβούλιο, το οποίο απαρτίζεται από είκοσι ένα (21) μέλη, με διάρκεια θητείας τεσσάρων ετών. Τα μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου εκλέγονται από τη Γενική της Συνέλευση μεταξύ των τακτικών αντιπροσώπων των μελών της. Η Γενική Συνέλευση, η οποία αποτελεί το ανώτατο όργανο της ΠΑΣΕΓΕΣ, συγκαλείται από το Διοικητικό Συμβούλιο σε τακτική σύνοδο κάθε έτος.

Οι λειτουργίες της ΠΑΣΕΓΕΣ εποπτεύονται από τον Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου και διευθύνονται από το Γενικό Διευθυντή σε συνεργασία με την Υπηρεσιακή της δομή, που συνολικά περιλαμβάνει 52 άτομα. Από το συνολικό δυναμικό της ΠΑΣΕΓΕΣ, το 58% του προσωπικού της είναι πτυχιούχοι ανώτατης εκπαίδευσης.